Radio Olsztyn od ponad 30 lat współpracuje z istniejącym na Warmii i Mazurach Związkiem Ukraińców w Polsce, a od 7 lat ze Związkiem Stowarzyszeń Niemieckich w byłych Prusach Wschodnich. Audycje w języku ukraińskim nadajemy od 1958 roku. Od kwietnia 2001 roku swoje audycje w Radiu Olsztyn regularnie prezentuje mniejszość niemiecka. Twórcami tych programów są dziennikarze wywodzący się z mniejszości narodowych.
Sprawy mniejszości narodowych, etnicznych i religijnych podejmujemy również w cotygodniowym cyklu, zatytułowanym "Małe Ojczyzny". Audycje te nadawane są w niedziele o 13:05 i retransmitowane w piątki o 19:15. Ich bohaterami są najczęściej: przedstawiciele Warmiaków i Mazurów, przesiedleńcy z Ukrainy oraz repatrianci z Wileńszczyzny i innych stron byłego Związku Radzieckiego. W cyklu tym prezentowaliśmy m.in. ludzi pogranicza, a więc przedstawicieli mniejszości litewskiej i białoruskiej, społeczność Romów, czy też żyjących na Małych Żuławach przedstawicieli Mennonitów.
W innych audycjach np. "Codzienność", prezentujemy prace stowarzyszeń mniejszościowych, m.in. Stowarzyszenia Kulturalnego "Borussia" oraz współpracę polskich i niemieckich miast.